V Junu je k dispozici integrovaná nápověda k následujícím oblastem:
Používají se manuálové stránky přímo od tvůrců těchto jazyků, díky tomu můžete mít vždy aktuální nápovědu.
Záložka HELP
Kontextová nápověda
Stáhnutí a nainstalování stránek
Mezi záložkami v levé části okna Juna je záložka Help. Je rozdělena na dvě části. V dolní je okno webového prohlížeče, ve kterém jsou zobrazovány manuálové stránky. V horní pak jedno až čtyři tlačítka (podle toho které manuály máte nainstalované).
První tlačítko vede na stromovou strukturu nápovědy. První úroveň tohoto stromu je podle částí nápovědy, tedy JUNO, PHP Manual, HTML Reference a CSS2 Reference. Další úrovně pak jsou přečtené z obsahu konkrétní nápovědy - proto se například liší jejich číslování.
Kliknutím na jakýkoliv uzel ve stromu se v dolní části objeví odpovídající stránka. K dalšímu pohybu po stránkách manuálu, lze použít buď znovu strom nebo odkazy uvnitř nápovědy, stejně tak uvnitř okna prohlížeče fungují klávesové zkratky známé z Internet Explorera. Mezi hlavní patří BACKSPACE pro návrat na předchozí stránku a Ctrl+P pro vytisknutí zobrazené stránky.
Pod dalšími třemi tlačítky naleznete seznam elementů daného jazyka. V případě PHP to jsou funkce, v HTML názvy značek a jejich atributy, u CSS pak názvy nastavitelných vlastností.
Vybrat buď můžete listováním seznamem a kliknutím na element se vám zobrazí odpovídající část manuálu, nebo začnete psát název elementu do horní řádky a seznam pod ní se začne automaticky listovat na první odpovídající řádku. V případě funkcí PHP do horního řádku píšete název funkce bez, před názvem uvedeného, návratového typu.
Pokud při editaci textu stisknete Ctrl+F1, pak se vyvolá nápověda ke slovu, nad kterým právě stojíte s kurzorem. Dojde k vyhledání v seznamu elementů podle typu dokumentu, který editujete. Pokud v něm se nenalezne přesně požadované slovo, pak pokračuje hledání v dalších dvou seznamech. Pokud ani v nich nebude nalezeno hledané slovo, pak se hledání vrátí k původnímu seznamu, kde bude vybrán nejbližší element odpovídající hledanému slovu. Stejná funkce se nachází také v kontextovém menu pod volbou Context Help.
Stáhnout jednotlivé nápovědy můžete buď společně s Juno z jeho stránek http://www.krizkules.cz/juno nebo ze stránek jejich tvůrců jak uvádí tabulka:
| Manuál | Adresa | Poznámka |
| PHP | http://www.php.net/download-docs.php | Zde použijte verzi označenou jako Many HTML files. Lze sice stáhnout dokumentaci v češtině, ale ta je zatím velmi neúplná, proto ji nedoporučuji. |
| HTML 4.0 | http://www.w3.org/TR/HTML | Tato adresa sice má odkazovat na aktuální verzi standardu HTML, bohužel odkazuje na XHTML. Jeho standard bohužel neobsahuje lidský popis elementů jazyka a jejich význam, pouze jeho semantická pravidla v podobě DTD. Proto použijte, prosím, verzi, která je dostupná na stránkách Juna. |
| CSS 2.0 | http://www.w3.org/TR/REC-CSS2/ | Tento dokument se již nezměnil od roku 1998. Verze dodávaná společně s Junem je tedy aktuální. |
Umístění manuálu k Junu je v jeho podadresáři manual. Ostatní cesty jsou dány nastavením, jak je popsáno v kapitole o instalaci.
Mějte také na paměti, že poté co nahrajete novější verzi manuálu, musíte smazat odpovídající .cch soubor, včetně souboru content.cch.
Dále bych chtěl upozornit, že zvláště v případě dokumentace k PHP se může občas změnit vnitřní struktura dokumentů a pak přestane fungovat správné načtení seznamu funkcí. Proto pokud budete mít problém s načtením jiné verze manuálu, než je dostupná na stránkách Juno, tak mě prosím na to upozorněte.